El Seminario fue erigido mediante decreto No. 1089 del 14 de octubre de 1989 bajo la guía pastoral de monseñor Roberto López Londoño.
El terreno en el que están las instalaciones del seminario fue adquirido por monseñor Libardo Ramírez Gómez el 31 de julio de 1979. La extensión total de tierra comprende 3 hectáreas y 1200 mts cuadrados.
En enero de 1990 se inician labores formativas con 18 alumnos. Como las instalaciones hasta entonces eran pequeñas, debían alimentarse en la casa de convivencias del nuevo Nazaret.
Hasta el presente los rectores han sido los siguientes:
P. Norbayro Londoño Buitrago nombrado desde el 13 de enero de 1990
P. Alonso Múnera Grisales nombrado desde el 01 de agosto de 1997
P. Orlando Giraldo Muñoz nombrado desde 18 de julio de 2000
P. Antonio María Orozco Silva nombrado desde 07 de octubre de 2003
P. Oscar Osorio Ospina nombrado desde 03 de enero de 2005
P. Carlos Alberto Moncada Franco nombro desde 16 de enero de 2007
P. Luis Fernando de J. Perez Agudelo Nombrado desde enero de 2008
P. Germán Darío Duque Ochoa nombrado desde enero de 2011
El Seminario está ubicado en el Km. 14 vía al Edén, contiguo al aeropuerto del municipio de Armenia. Tel 313 732 39 15.
El proceso de nueva evangelización se ha vivido en el seminario desde el ámbito académico y también como proceso vivencial. Los responsables han sido los vicarios de pastoral. No se cuenta con un proceso compacto debido a lo variable de los seminaristas que van ingresando y saliendo cada año. Pero se puede decir que en general están en capacidad para acompañar y vincularse de menara activa a las comunidades de las parroquias.
El Seminario como tal cuenta con la capilla mayor que a partir del primero de mayo del presente año ha sido llamada por monseñor Fabio como capilla beato Juan Pablo II. Además contamos con otras cuatro capillas menores en las que se realiza la oración y se celebra la eucaristía por grupos académicos.
En cuanto a la academia se cuenta con varios salones (6) para los distintos ciclos (propedéutico, filosofía y teología), un auditorio, una espaciosa biblioteca, una cafetería, una sala de televisión, el comedor y cincuenta habitaciones para albergar seminaristas.
Se cuenta con una cancha como escenario deportivo y varias zonas verdes.
Entre los proyectos pastorales se cuenta con la formación que reciben los seminaristas fuera de los cursos académicos, también los retiros espirituales (6 al año), un proyecto de trabajo con sordos y las distintas experiencias de apostolado que realizan los fines de semana en varias parroquias de la diócesis (acompañamiento de lectores, monaguillos, ministros ocasionales de la comunión, catequesis pre sacramentales para bautismos, primera comunión y confirmación, comunidades de nueva evangelización, grupos juveniles, pastoral vocacional, etc.)